Zotero est un excellent logiciel pour gérer les bibliographies (scientifiques ou non), a fortiori quand on le combine avec des méthodes rigoureuses d’organisation. Dans la suite du texte je vais décrire en premier lieu mes premières méthodes d’organisation et comment j’en suis venu à utiliser Zotero, puis je parlerai de ses fonctionnalités. À la fin je décrirai certaines méthodes d’organisation, entre autres inspirées des formations que j’ai suivies (métacognition, lecture rapide).

Organisation old-school

À l’origine je classais mes articles scientifiques dans des dossiers hiérarchisés, comme la majorité des personnes. Le principal écueil de cette méthode est que la recherche d’un article précis peut être assez pénible (à moins d’avoir des conventions de nommage précises) et il n’est pas toujours clair de savoir où ranger un article, ou encore quand il s’agit de retrouver un lien pour l’envoyer à un ami. À côté de cela j’utilisais GCstar pour garder une trace des livres que je lisais, mais certaines fonctionnalités de ce dernier le rendent parfois pénibles à utiliser (par exemple le nombre de clics à faire pour compléter tous les champs).

J’ai donc cherché des logiciels avec les fonctionnalités suivantes : utilisation de tags (la possibilité de hiérarchiser étant facultative), sauvegarde des métadonnées (auteurs, date, éditeur, liens…), recherche parmi ces divers critères.

Tout d’abord j’ai remplacé GCstar par KBibTeX avant de changer en partie pour Jabref (le second n’a pas d’exportation/compilation en PDF mais son export HTML est meilleure) : je trouvais kbibtex plus beau et fonctionnel que Jabref mais il a perdu de nombreuses fonctionnalités lors du passage à Qt4, et il n’évolue pas vite. Ces deux logiciels permettent d’ajouter des tags à chaque entrée ou d’importer une référence depuis internet, de plus Jabref permet de lier des fichiers locaux (comme des PDFs) aux entrées (mais personnellement je ne trouve pas ça très pratique). Finalement le dernier grand avantage de ces deux logiciels est de fournir un fichier .bib directement utilisable dans les documents LaTeX. Il me semble d’ailleurs que Jabref est assez utilisé par les chercheurs.

La bibliographie avec Zotero

Puis j’ai découvert Zotero (page Wikipédia) et ma vie a changé. Il s’agit d’une extension opensource pour Firefox, qui permet d’y intégrer un gestionnaire de bibliographie. Les fonctionnalités de Zotero sont les suivantes :

• Détection automatique des pages avec du contenu bibliographique (blog, article de revue, thèse, Youtube, Wikipédia…) : il suffit de cliquer sur un bouton dans la barre d’URL pour l’importer.
• N’importe quel type de fichiers peut être lié à un document principal (capture d’une page internet, PDF, audio…).
• Organisation par dossiers (appelés collections).
• Gestions des tags avec complétion automatique.
• Export en bibtex (pas encore idéal : la casse des titres n’est pas préservée et il n’est pas possible de définir les clés) et dans le presse-papier.
• Ajout de notes (auxquelles on peut associer leurs propres tags).
• Filtrage et recherche.
• Synchronisation avec le site officiel : l’inscription est gratuite, mais on ne dispose que de 200Mo. Cela permet de retrouver les documents soit depuis internet, soit depuis un autre ordinateur.
• Intégration à divers logiciels (LibreOffice, Word, etc.).
• Indexation des fichiers PDF.

Personnellement voici comment je l’ai configuré :

• une collection par grand thème (physique, informatique, littérature…) et une collection par projet (pour l’export bibtex) ;
• des tags inclusifs (et en anglais) – par exemple si un article parle de trous noirs en rotation, je mettrai le tag « rotating black hole », mais pas « black hole » en plus – et autant que nécessaire pour caractériser un article ;
• j’ai activé la synchronisation en ligne mais uniquement pour les métadonnées (il faut décocher les cases sous « Synchronisation → Paramètres → Synchronisation des fichiers »), ce qui me permet de recherche un article depuis le navigateur si besoin ;
• j’ajoute des tags « to print », « to read » et « printed » pour me souvenir qu’est-ce que je dois lire/imprimer et de ce que j’ai déjà imprimé.

Une extension (Zotero autoexporting) permet d’exporter automatiquement toute la collection au format bibtex, ainsi que les sous-collections, dès que celles-ci sont mises à jour (ou à un certain intervalle de temps). Hélas le processus est extrêmement long pour les grandes collections, et il serait plus pratique de pouvoir choisir juste certaines collections à exporter. Il existe aussi une version standalone qui permet d’utiliser Zotero en dehors de Firefox.

A priori il est possible d’installer le serveur de synchronisation de Zotero sur notre propre machine (par exemple cela me permettrait d’accéder et de partager les fichiers sur mon serveur personnel), mais je n’ai pas encore regardé en détails : le code est accessible sur Github, mais aucune documentation n’est vraiment disponible (une page wiki d’un contributeur propose une démarche).

Voici pour l’utilisation générale de Zotero, je continue avec d’autres points plus précis dans la section suivante.

Méthodes d’organisation et de lecture

Moteurs de recherche

Avant de pouvoir lire (et classer !) des articles, il faut d’abord les trouver. Pour ce faire soit on peut chercher directement sur les sites qui nous intéressent soit, encore mieux, on peut les intégrer à la barre de recherche de Firefox (en haut à droite, voir l’image plus haut), accessible directement via le raccourci CTRL+K (pour rappel la barre d’url, située en haut au milieu, qui permet aussi de faire des recherches avec Google, est accessible avec CTRL+L). En cliquant sur l’icône de la barre de recherche puis sur « gérer les moteurs de recherche », on peut associer un mot clé à chaque moteur : toute recherche (dans la barre d’url cette fois) qui commence par ce mot-clé lancera directement une recherche sur le site en question.

Deux méthodes sont possibles pour ajouter un moteur de recherche : parfois, en cliquant sur l’icône de la barre de recherche, l’option « ajouter ce moteur à la liste » est disponible ; sinon il faut chercher sur le Mycroft.

Les moteurs de recherche (avec le mot-clé entre parenthèses) que j’ai configurés sont visibles sur l’image suivante. Les plus utiles pour la recherche d’articles en physique sont arxiv et Inspire-HEP (Google Scholar peut aussi avoir son utilité). Arxiv et Scholar peuvent être trouvés sur Mycroft, tandis que Inspire peut s’obtenir depuis le site.

Par exemple écrire « hep a weinberg and d 1995 » m’envoie sur la page suivante.

Lecture et synthèse

J’ai commencé à appliquer les méthodes que j’expose dans mon précédent article sur la lecture rapide. Ainsi avant de commencer à lire des articles sur un sujet, je donne une note (sur 5, écrite en haut à gauche de la page) à chacun pour indiquer l’utilité qu’ils auront selon moi, puis je les classe par note décroissante. Ensuite avant de lire un article précis je me demande d’abord ce que je pense y trouver, puis je le lis plusieurs fois (plus ou moins vite).

À la fin je lie divers éléments à l’article dans Zotero (voir aussi l’image précédente) :

• je reporte la note à l’aide d’un tag (« note: 4 »), en la corrigeant si besoin ;
• j’ajoute éventuellement un tag indiquant l’utilité future (tag « futur: 1 ») ;
• j’associe un résumé sous forme de note (« écrite »), dont la première ligne et le tag sont « Résumé » et « summary » ;
• si c’est le cas j’ajoute des notes décrivant les éléments utiles de l’article (avec le tag « useful ») ;
• enfin j’ajoute un tag pour chaque projet où j’utilise cet article (e.g. « project: black holes »).

Conclusion

Ces différents outils et méthodes m’ont beaucoup apporté sur les plans de l’organisation et de la compréhension des articles. Toutefois le risque est de se disperser dans une recherche et un tri sans fin, un de mes grands défauts que j’ai commencé à améliorer, mais ceci est une autre histoire.